水体功能分区按照水体各部分的环境状况、使用状况和社会经济发展的需要，将水体划分为水质能满足不同要求的区域的过程。它是水环境管理和水资源开发利用的一项基础工作。分区后可以明确各区的水污染控制目标，突出保护重点。合理分区对保护水源，改善环境，促进经济发展都有重要意义。根据《地面水环境质量标准》，水体功能分区一般可分为7类：①自然保护区及源头水(地面水环境质量标准Ⅰ类);②生活饮用水水源区(地面水环境质量标准Ⅱ类);③水产养殖区(地面水环境质量标准Ⅱ类);④旅游区(地面水环境质量标准Ⅲ类);⑤工业用水区(地面水环境质量标准Ⅳ类);⑥农业灌溉用水区(地面水环境质量标准Ⅴ类);⑦排污口附近混合区(带)(不执行地面水环境质量标准)。

水体功能分区的原则主要有：①集中式饮用水源地优先保护;②不降低现有使用功能，兼顾规划功能;③上下游统筹考虑，合理组合;④合理利用水体自净能力和环境容量;⑤与陆上工业、城市的合理布局紧密结合;⑥实用可行，便于管理。

水体功能分区的步骤一般是：①综合调查，搜集基础资料。内容包括区域自然条件、经济发展状况与工业、城镇发展规划、水污染现状与管理措施、水资源开发利用状况等。② 综合分析。内容包括对水环境现状进行评价，预测污染物排放情况的变化，分析水体的现状使用功能、规划功能及相应水质标准，确定应控制的污染因子，初步制定功能区划分方案或多种可选择方案。③定量计算。内容包括确定设计条件，选择水质模型与计算方法，混合区范围计算等。通过计算，具体划定各功能区的范围，选择最优方案。④综合评价与决策。内容包括对各功能区目标的可达性作出评价，行政部门决策批准，订立管理规范等